島津製作所は、社内調査の結果、航空機器事業部における防衛省との航空機用APU(補助動力装置：Auxiliary Power Unit)の修理契約において、新品部品または適切に修理された部品などに交換すべきところ、所定の手続きを経なければ本来使用できない部品を修理して取り付けるなどといった不適切な行為を行っていたことが判明し、当該事実を2016年5月に防衛省に自発的に申告した。その後、防衛省の調査により、当該事実が確認された。
2017年6月9日、上記事実について、防衛省より、同日から2017年9月22日までの3.5カ月間、指名停止の措置をとる旨の通知を受けた。